与政府平行的是法院、监察院。
法院的架构变化不大，但是在审判的时候大部分还是使用大清律例。随着江北商业活动越来越频繁，商业纠纷愈加复杂，这些纠纷在大清律例里面很难找到依据。
淮海军现在是没有立法机构的，董书恒现在也不准备弄这个机构。他现在对淮海军的机构设置上还是本着实用、高效、廉洁这几个要点。
最近他让人翻译了很多国外的法典。其中拿破仑颁布的法国民法典最让他看中，都说拿破仑最大的成就不是军事方面，而是颁布了一部民法典，果真如此。这部法典的立法理念非常先进，怪不得一百年后人们还能继续使用它。
董书恒也专门学习过法律，后世中国法律基本上承袭的德日的大陆法系，殊不知法国才是大陆法系的鼻祖。
董书恒认为中国以后还是要走大陆法系的路线。像英国那样的普通法系，以判例为主，会导致培养法律人才的难度增大，不符合当前中国的国情。
大陆法系要培养一个法律人才只要学习法典，了解立法精神基本上就可以了。而普通法系，要培养法律人才，必须要有长时间的法律熏陶，或者实践让这个人能够从庞杂的判例中自己体会出审判的奥义，这就像是研究中国的玄学一般。
为了解决这个问题，董书恒跟约翰塞纳合作建立的圣约翰大学将专门成立一个政法学院。培养大陆法系的人才，为今后建立完备的法律体系做好准备。
当然，远水解不了近渴，法学院的学生现在都还不知道在哪里呢。
就当前的问题，董书恒给的解决方法是“抄袭”。拿破仑法典中哪些法条能方便解决咱们现在的问题，那么就抄下来。一个法典太长，那就拆开它，把债法、合同法、物权法等单独抄出来，以淮海军法令的形式发布施行。
程序法上根据淮海军的实际情况编写一部诉讼法，也不分民诉刑诉了，简单的才更实用。
这样凑活着，法院就能“开张”了。
对于董书恒这样的安排，伍挺是支持的。他是一个老刑名师爷，对国人的思维很了解。中国人判案还是习惯依据律条，老百姓也都觉得法官判案应该依律来判。你说你根据自己对法的精神的理解来判案，老百姓肯定不接受。
董书恒要求法院系统的所有法官都要轮流接受培训。既然要抄法国民法典，像孟德斯鸠的论法的精神这样介绍近代法学思想的启蒙书籍肯定是要读一读、学一学的。
他手下的这些法官大部分都是以前的刑名师爷，不求完全改变他们，至少也要让他们被动地学习一些新的法学思想。等到他自己培养的法学人才进入法院系统，才能够真正从根本上改变当前的法治状况。
监察院与法院、政府并列，其职责就是监察内部人员，处理违纪违法行为。
李虎的为人，董书恒是信任的。监察院前面一段时间搞的内部大整顿，确实树立了监察院的威信，因为每一个案子监察院都做得铁证如山。
为了完善监察院的职能，董书恒这次要求监察院以后在每个重要部门都设立监察室。直接直属于监察院纵向管理。
为了防止监察室的人与驻在单位的人串通一气，董书恒规定监察室的人在一地的任职不得超过两年。
在军队中营级以上设立监察委员这个岗位，监察委员负责监督军纪，呈报军功奖励，任何时候不得干预军事指挥。但是对于军事主官的问题有上报的权力。
这样监察院就建立了覆盖到淮海军政、军系统的各个方面，构建了一个全方位的网络。
上午安排好了一府两院的工作，下午董书恒单独就军队整编开会讨论。因为很多地方涉密，政府、法院、监察院除了高层以外，其他人都休会休息。
会议进入了最重要的环节军队的整改组、扩编。
会议开始是一个表彰环节，董书恒为之前在扬州战役中表现突出的部队，颁发集体奖励。
之后，董书恒发表了讲话。肯定了淮海军的部队的建设情况。
最后，董书恒以陆海军总司令的名义宣读改组、整编方案。
总司令之下设立总参谋部。
刘青南任副总司令，严仕坤担任总参谋长，原来的参军室并入总参谋部，彭玉麟以及普鲁士退役上校汉斯担任副总参谋长，另外还有几名专业能力强的普鲁士军官加入参谋部。
董书恒觉得普鲁士作为现代参谋制度的发源地，与他们军官的严谨作风制密不可分。所以他才会不遗余力地引进普鲁士的军官，想通过他们影响自己手下的军官。
总参谋部负责作战情报的分析，作战计划的制定。战时要负责向一线派遣作战参谋。
总后勤部。
由原淮海公司采购部部长韩云担任部长。总管淮海军海陆军的物资采购、储备、供应。兵工厂、弹药长以及高邮军用造船厂将划给总后勤部管理。这个部门很容易滋生腐败，董书恒觉得必须交给自己信任的人管。
总作训部兼民兵司令部。
由原武装部部长马宗武担任部长兼民兵副总司令。作训部负责新兵的征募、训练，民兵的日常训练管理，同时管理全军士兵军籍，晋升奖惩
淮海军陆军野战部队扩编为三个师。除了一些特殊兵种以外，董书恒不准备设置旅一级单位。以后淮海军将以师为单位展开作战。军一级的单位目前还不需要，而且淮海军也还没那么多部队。
野战部队为四个师一个纵队。
教导师。
在原来教导团的基础上扩建而来。
师长：刘青南本人强烈要求留下一线部队，不愿意在参谋部做。不过董书恒还是让他兼任了陆军的副总司令。
下辖:
炮团：1200人拥有75毫米加农炮16门，50毫米榴弹炮25门，60毫米迫击炮30门。
三个步兵团：6000人
骑兵营:500人
警卫营：500人
工兵营500人
特战营500人
还有一些随军专业人员。
教导师将会同原来江北大营的一些人马驻守浦口，建立新的江北大营，以后将是进军江宁或者安徽的主要力量。
原101团扩编为第一师，编制与教导师基本相同，师长王从志。第一师将移防徐州。徐州是江苏的门户，又是交通枢纽，历来是兵家必争之地。
随着自身的壮大，现在董书恒感觉到清廷对自己的容忍快要到达临界点了。说不定什么时候就要对自己动手，所以他要先放一支重兵在徐州，进可沿运河而上，直捣京师，退可以守住淮海军的门户。
原102团扩编为第二师驻守江南的常州、苏州。从东面封锁住太平军，关键时候可以从东部进攻太平军的天京大本营。
山东的陆军蔡树森部会同林威部组建第三师。蔡树森现在桂中行手下组建新军，已经有了三个团的兵力。林威的骑兵团也已经满员。
现在林威在桂中行给清廷的奏报上已经被招安，并且得到了一个沂州游击的头衔。正好方便他的骑兵团在鲁南地区活动。
蔡树森与林威部现在主要负责剿灭山东的捻匪与响马。一方面能让自己在山东站稳脚跟，另一方面也方便桂中行立功升官。
同时利用剿匪，蔡树森和林威没收了大量的恶霸地主土地。这些人跟土匪都有勾结，没有证据留给他造一个证据。这些土地会转交到农垦局手中变成淮海军的农场。
就这样，淮海军利用农场一步步地渗透山东。
吕飞燕手中的部队比较特殊，仍然称为太行纵队，之所以这么称呼就是为了不限制其编制。只要吕飞燕在太行的条件允许，理论上她可以不断地扩编部队。
各地的守备部队仍然以团为单位，但是根据需要重新划分防区，外围的县守备部队的密度相对会高一些。另外守备部队会根据需要随时设立，就比如上海的守备团。
这次主力部队扩编原来的一些守备团军官被抽回了主力部队。然后又从军校的毕业生中挑选人才重新安排入守备部队，这些新晋军官，将在守备部队，磨练一下，积累经验。
董书恒认为最优秀的军官应该到一线野战部队锻炼。守备部队算是二线部队，担任的作战任务相对轻一些。
海军方面由董书恒担任总司令，刘大海担任副总司令。这次任命之后，刘大海将在水师中抽调军官并且去沿海民兵中招募水兵，筹建南洋水师。
彭玉麟以副总参谋长的身份兼任长江水师的司令。
张强依然担任运河水师司令，不过今后运河水师的的活动范围将转移到山东境内的运河段。
马连奎担任太湖水师司令，在太湖西山岛上建设一个水军基地，这个驻地将驻守水师陆战队的一个团，辐射太湖沿岸地区。
最后，是建立两个军校，原来的陆军学堂在原址扩建为高邮陆军军官学校。
另外，在海洲成立一个海军军官学校，趁着现在还没有跟英法闹翻，从英法聘用海军教习，培养专业的海军军官。
董书恒不觉得向自己的敌人学习有什么不好。即使这个老师本性是坏的，只要他的知识是真的，就值得我们去学习，因为知识本身有没有善恶之分。
通过这次扩军，淮海军陆军野战部队将达到近四万人，这还不包括太行纵队。海军将拥有三个内河水师、一个远洋水师。
其实，董书恒也知道这么快速地扩军会影响到军队的战斗力，军官的能力也跟不上。
所以他要求即使是师级军官也要定期地参加军校学习。当然高级军官要学习的知识更多更广。
董书恒认为一个好的高级军官不仅要懂军事还要懂战略、懂政治。
有空的时候他也会给高级军官们上战略课、上国际形势课。军官们还要去学习国际政治、历史，研习国内外的经典战例。
